[ Print ]  [ Close ]

http://med.modares.ac.ir/index.jsp?siteid=11&pageid=28293&newsview=10031   , 1403/02/28

جلسه دفاع از پایان نامه
جلسه دفاع از پایان نامه: آقای احسان صالح آبادی: مهندسی بيوتكنولوژی



  • عنوان: بازسازی شبکه ی متابولیکی مقیاس ژنوم سلول جوجه (گالوس گالوس)


  • ارائه‌کننده: احسان صالح آبادی


  • استاد راهنما: دکتر سید عباس شجاع الساداتی


  • استاد ناظر داخلی اول: دکتر سمیره هاشمی نجف آبادی


  • استاد ناظر خارجی اول: دکتر سید امیر مرعشی (دانشگاه تهران)


  • استاد مشاور اول: دکتر احسان معتمدیان


  • مکان: دانشکده فنی مهندسی، کلاس پ4


  • تاریخ: 26/12/97


  • ساعت: 9:00



چکیده:بازسازی و استفاده از مدل‌های سوخت و سازی مقیاس ژنوم، از رویکردهای مورد استفاده در زیست‌شناسی سامانه‌ها است که در سال‌های اخیر مورد توجه پژوهشگران قرار گرفته است. با داشتن توالی‌یابی ژنومی و نیز تفسیر ژنوم موجود زنده‌ی مورد نظر، می توان مدل‌هایی با توانایی پیش‌بینی صفات فنوتیپی بازسازی نمود. جوجه (با نام علمی گالوس گالوس) یک موجود زنده‌ی یوکاریوتی و نخستین پرنده‌ی توالی‌یابی شده‌ی ژنومی است. به دست آوردن شبکه‌ی سوخت‌وساز سلول جوجه به دلیل ارتباط زیاد با انسان و همچنین مبتلا شدن به انواع بیماری‌های مرتبط با سوخت و ساز، به عنوان یک شبکه‌ی پیوسته شامل واکنش‌ها و متابولیت‌های درگیر، مورد توجه است. در این پژوهش، مدل سوخت و سازی مقیاس ژنوم سلول جوجه شامل 2428 واکنش، 2569 متابولیت و 1301 ژن بازسازی شد. مدل ارائه شده، با استفاده از واکاوی موازنه شار، تولید زیست‌توده را در pH برابر 2/7 به خوبی پیش‌بینی کرد. یکپارچه‌سازی مدل بازسازی‌شده با روش GIMME با داده‌های ترانسکریپتومیکس برای ساخت مدل‌های اختصاصی سلول سرطانی، نرمال، جوجه‌ی چاق و نیز جوجه‌ی لاغر مورد استفاده قرار گرفت. مدل سوخت و سازی گالوس گالوس توانسته است به خوبی تفاوت‌های فنوتیپی سلول نرمال و سرطانی در ترشح لاکتات را پیش‌بینی کند. در مورد جوجه‌ی چاق و لاغر، در مسیرهای مرتبط با انرژی در سلول جوجه، تفاوت‌های قابل توجهی وجود دارد، که این تفاوت در مدل ساخته شده نیز مشاهده شد. نتایج واکاوی حذف ژن تکی و دوتایی در مدل و مقایسه‌ی نتایج آن با چند مدل دیگر، نشان‌دهنده‌ی پایداری کمتر مدل تک‌سلولی‌ها در مقابل مدل پرسلولی‌ها است.

کلمات کلیدی:مدل سوخت و سازی مقیاس ژنوم، سلول جوجه، واکاوی موازنه شار، یکپارچه‌سازی داده‌ی ترانسکریپتومیکس، واکاوی حذف ژن تکی و دوتایی

10:22 - سه شنبه 21 اسفند 1397    /    شماره خبر : 10031    /    تعداد نمايش خبر : 1579